陶行知研究院是南京晓庄学院于2011年在综合陶行知研究所、陶行知纪念馆和《生活教育》杂志编辑部的基础上设立的一个专门宣传、研究和实践陶行知思想的科研机构。它的主要任务有四:一是充分利用行知园和陶行知研究的力量宣传陶行知教育思想;二是组织校内的研究力量开展陶行知教育思想的研究;三是立足学校发展的大局,结合学校的实际开展实践研究;四是以《生活教育》杂志为核心建立研究、展示陶行知教育思想的研究平台。研究院发展的指导思想是:科学研究与决策咨询并重,基础研究与应用研究结合,内涵建设与外延发展兼顾。
    几年来,研究院积极与学校其他部门合作,动员并组织具有不同学科背景的教师开展对陶行知的多学科研究和多视角解读,形成一支汇集不同学科学术骨干的研究队伍;组织陶行知研究学术沙龙开展经常性的活动,促进学校陶研工作的开展;主持编写并出版校本教材《陶行知生活教育理论简明教程》;在全校开设有关陶研的公选课;组织指导学校大学生陶研会的活动;举办了多届全国性的陶行知教育思想研讨班;专门邀请陶研专家来校讲学,推动了我校陶研工作的进一步开展;收集、整理、扩充陶研资料,建立陶研数据库,为研究者提供服务;每年接待参观陶馆的各地来访者,提供讲解等服务。负责编辑出版《生活教育》杂志,对推动全国的陶行知研究发挥了积极的作用。
    陶行知研究院院内机构有研究院办公室、研究部、行知园和《生活教育》杂志编辑部4个。
    办公室主要承担研究院内部的日常管理和部门对外的联系工作,处理各类事务,具有上下衔接、沟通和为教职工服务的功能。
    研究部是陶研院主要从事陶行知研究的部门,承担各级各类的陶行知研究项目,负责校内陶行知研究的指导工作,引导学生开展陶行知研究和实践活动,完成“陶行知教育思想”课程的教学任务。
    行知园主要承担园区的日常管理工作,负责陶行知纪念馆的参观接待工作,介绍陶行知的生平事迹,宣传陶行知的教育思想,负责陶馆的文物保存、维护和安全工作。
    《生活教育》杂志是由中国陶行知研究会和南京晓庄学院联合主办的国家一级期刊,编辑部设立在陶行知研究院。主要承担杂志的编辑、出版和发行工作。

    陶行知研究资料中心位于南京晓庄学院图书馆5楼,面积150平方米,设有阅览和讨论座位80多个,专门收藏陶行知文献资料以及与陶行知有关的各种资料共7万多册,具体包括湖南版和四川版的《陶行知全集》多套、《陶行知文集》、《陶行知教育文集》、《胡适全集》、《胡适日记》、《冯玉祥日记》、《蔡元培全集》、《陈鹤琴全集》、《晏阳初文集》、《黄炎培文集》、《杜威在华讲演录》等文献,也有当年晓庄师生出版的有关文献,还有原中陶会副会长、川版《陶行知全集》特约主编胡晓风先生捐赠给本资料中心的各类图书、手稿、刊物等,资料中心专门为此设立了“胡晓风捐赠资料特藏室”;此外,本中心还设有“教育文献图书专架”和“民国教材”等特色资料,还有浙江丽水学院图书馆赠与的“陶行知研究文献资料数据库”等等。本中心也不定期地在陶行知资料室开展系列公益讲座等活动,为校内外研究者提供各种服务。该资料中心是陶行知研究领域较专业、正在发展并具有一定规模和影响力的图书资料中心,其宗旨是配合学校相关的陶行知研究工作,服务学校师生进行陶行知教育思想的理论研究和实践探索,并指导和带动社会上的陶研工作者对于陶行知教育思想的理解和践行。